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Montagny, der Stadt Freiburg und den Grafen von Savoyen langwierige Streitigkeiten, in deren Verlauf der Kaiser einmal mit Heeresmacht vor Payerne zog. 1314 ging die Kastvogtei dauernd an das Haus Savoyen über, das nun zusammen mit dem Waadtland auch Payerne unter seine Macht brachte. Das Kloster zählte während seiner Blütezeit 32 Mönche, die um 1398 auf 12 reduziert und nachher wieder auf 18 vermehrt wurden. Ihm gehörten die Propsteien Pully, Prévesins (im Pays de Gex), Baulmes, St. Peter (in Kolmar im Elsass), Huttenheim (im Unter Elsass), Bassins und Liaz (in der Diözese Genf). Die Freiheiten und Rechte von Payerne wurden zwischen 1291 und 1517 von den deutschen Kaisern und den Grafen von Savoyen zu wiederholten Malen bestätigt. Den savoyischen Oberherrn vertrat in der Stadt ein Schultheiss. Nachdem Payerne mit Bern, Freiburg, Neuenburg und Murten verschiedene Burgrechte geschlossen, kam es 1475 unter die gemeinsame Herrschaft von Bern und Freiburg, ohne aber so hart behandelt zu werden wie Estavayer und andere benachbarte Orte. Im folgenden Jahr kämpften die Bürger Payerne's bei Grandson und Murten mit. Als das 7000 Mann starke Heer der Berner 1536 auf seinem Eroberungszug ins Waadtland vor Payerne kam, huldigte diese Stadt den Bernern und behielt dafür ihren eigenen Schultheissen bei. Jetzt wurde auch die Reformation endgiltig eingeführt, die schon einige Jahre vorher hier derart Wurzel gefasst hatte, dass Freiburg einmal (allerdings vergeblich) versucht hatte, sich des Klosters und seiner der neuen Lehre geneigten Insassen zu bemächtigen.
Abtkirche und Kloster wurden Berner Staatseigentum, und der Kirchenschatz wanderte, wie derjenige der Kathedrale von Lausanne, nach Bern. Als Freiburg ebenfalls Ansprüche auf das Kirchengut erhob, entstanden lange Unterhandlungen zwischen den beiden Ständen, die damit endigten, dass Freiburg die auf seinem Gebiet liegenden Grundstücke und den Zehnten von Estavayer zugesprochen erhielt. Einen Teil des einstigen Klosterbesitzes schenkte Bern auch der Stadt Payerne als seinem einstigen Verbündeten.
Die Berner Hoheit dauerte bis zur französischen Revolution, die auch in Payerne ihre Wellen warf. Am erklärte eine Volksversammlung in Payerne die Berner Hoheit als verfallen und sandte an die vor wenigen Tagen in Lausanne angekommene französische Armee ihre Abgeordneten ab. Zunächst vereinigte man dann die Stadt mit dem neuen Kanton Saane und Broye, worauf sie durch die Mediationsakte 1802 dem neu gegründeten Kanton Waadt angegliedert wurde.
Unter der Oberhoheit Savoyens stand der Stadt ein vom Grafen oder Herzog ernannter Schultheiss vor, dem ein besonderer Bürgerrat beigegeben war. Da auch das Kloster gewisse Rechte ausübte, entstanden zwischen den beiden Verwaltungsbehörden öftere Streitigkeiten. Unter der Berner Hoheit amteten ebenfalls ein Schultheiss und Rat, welch' letzterer aber mit der Zeit zu einem ausschliesslich oligarchischen Regiment ausartete. Später setzte Bern der Stadt einen Landvogt vor. 1803 wurde Corcelles als eigene Gemeinde von Payerne abgetrennt, wobei wegen der Teilung der Güter verschiedene Schwierigkeiten zu überwinden waren. Um die Mitte des 14. Jahrhunderts wurde Payerne von der Pest und im 16. und 19. Jahrhundert von mehreren grossen Feuersbrünsten heimgesucht.
Funde aus der Zeit vor der Gründung des Klosters sind in Payerne keine gemacht worden, sodass die Existenz einer einstigen Römerstadt an dieser Stelle sehr zweifelhaft erscheint. In der Klosterkirche hat man verschiedene interessante Gräber aufgedeckt. So fand man 1817 einen Sarkophag mit einem Schädel und anderen Knochenresten, die nach dem Urteil von Sachverständigen als von einem Weibe herrührend erkannt wurden. Dies und andere Umstände führten auf den Gedanken, es seien dies die Reste der Königin Bertha, worauf die Behörden von Payerne ein Protokoll aufnehmen liessen und der Waadtländer Staatsrat die Beisetzung des Sarges samt Inhalt in der Pfarrkirche verfügte.
Die Ueberführung fand am statt. Heute ist der Sarg mit einer schwarzen Marmortafel bedeckt, auf der in einer langen lateinischen Inschrift alle von der Königin dem Land gespendeten Guttaten verzeichnet sind. Man hat ferner einen Sattel, Sporn, Zaum mit Mundstück und einen Steigbügel aufgefunden, die ebenfalls der Königin Bertha gehört haben sollen. Ein Denkmal aus der Steinzeit bei Bretonnières, ein Grabhügel in Trey. Verdiente Bürger von Payerne: Claude Banquette, der der Stadt 1579 die Summe von 3000 Gulden hinterliess, deren Zinsen jährlich unter drei männliche Nachkommen des Stifters aufgeteilt oder, wenn keine solchen vorhanden, drei höhern Studien sich widmenden Bürgern der Stadt verliehen werden mussten;
der General in spanischen Diensten Abraham de Treytorrens (Ende des 17. Jahrhunderts);
der 1751 geborene Graveur Jakob Isaac La Croix;
der Verfasser medizinischer Werke Philipp Rudolf Vicat (1720-1783);
der General Antoine Henri de Jomini (1779-1869), berühmt durch seine Werke über militärische Taktik;
der Ingenieur Pierre Villomet, der eine Karte der Landvogtei Payerne, einen Plan der Stadt Payerne (1718) und eine Studie über die zu seiner Zeit im Bernbiet giltigen Masse und Gewichte veröffentlichte;
Abraham Isaac Detrey, Mitglied des nach der Erhebung der Waadt zum Kanton amtenden ersten Kleinen Rates (Regierungsrates) der Waadt; Oberst Tavel, einer der vier Untersuchungsrichter des Kantons und Befehlshaber der während der Wirren im Wallis (1844-45) in Aigle versammelten Waadtländer Truppen, dessen Sohn Friedrich Tavel dem Museum eine wertvolle Schmetterlingssammlung geschenkt hat;
der Rechtsanwalt Victor Perrin, der in der Waadtländer Politik eine bedeutende Rolle gespielt hat;
der Botaniker D. Rapin, Verfasser des Guide du botaniste pour le Canton de Vaud (1835), einer der besten Arbeiten über die Waadtländer Flora.
Der Kreis Payerne umfasst die Gemeinden Payerne und Trey und zählt 5666 Ew. Vergl. neben den allgemeinen Werken über den Kanton Waadt: Guide de Payerne et de ses environs. Payerne 1902; Rahn, J. Rod. L'église abbatiale de Payerne; trad. de l'allem. par Will. Cart. Lausanne 1893.