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nach ihm benannte und später zu einer Stadt ausgewachsene Kloster und der aus Lugnez in der Ajoie gebürtige St. Immer dasjenige Kloster, um welches die heute bedeutende Ortschaft gleichen Namens entstand. 407-496 kam der Jura unter die Herrschaft der Alemannen und Burgunder, dann 496-888 unter diejenige der Franken und endlich 888-1032 zum zweiten burgundischen Königreich. Zu dieser Zeit standen die Klöster St. Immer, Saint Ursanne, Moutier-Grandval und etwas später Bellelay und Lucelle in ihrer höchsten Blüte. Der mildtätige und barmherzige Sinn, sowie die Wissenschaft, die hier ihre Stätte gefunden hatten, bildeten einen schneidenden Gegensatz zu der in den Feudalburgen herrschenden Unwissenheit und Roheit. Die Thäler von der Pierre Pertuis bis zum Rhein bildeten den sog. Salsgau, die Ajoie mit den Uferlandschaften um den Doubs den Elsgau.
Durch die von den drei (jetzt in Trümmern liegenden) Festungen der Vorburg geschützte Klus von Soyhières ging die französisch-deutsche Sprachgrenze, die uns die damalige Verteilung der beiden Volksstämme zeigt. Im 10. Jahrhundert fiel der ganze Jura an das deutsche Kaiserreich, dessen hier mächtigster Gaugraf auf der Vorburg residierte, wo er 1049 vom Papst Leo IX. besucht wurde. Schon zu dieser Zeit hatten die Bischöfe von Basel von den deutschen Kaisern verschiedene Ländereien zu erhalten gewusst, die den ersten Grundstock zum späteren Fürstbistum legten.
Die wichtigste Schenkung aber erhielten sie 999 von Rudolf III., König des transjuranischen Burgund, der ihnen die Abtei Moutier-Grandval mit ihrem gesamten Landbesitz (Thäler der Birs, Schüss, des Doubs und das Territorium, auf dem Nachher Bischof Gerhard von Vuippens Neuenstadt erbaute) überliess. Von dieser Zeit an blieb der Bischof von Basel bis Ende 1797 der unumschränkte Gebieter über alle diese Landschaften. Auch Biel kam in die Gewalt des Bistums, das mit Zustimmung des Reiches später auch noch die Ajoie und die Thäler von Delsberg und Laufen erwarb.
Bischof Imer von Ramstein verlieh in seiner berühmten Urkunde von 1384 den Ansiedlern in den seither so genannten «Freibergen» grosse Vorrechte und Vergünstigungen. Alle diese genannten Landschaften bildeten bis 1792 das Fürstbistum Basel. Biel, Neuenstadt, die Landschaft Erguel und ein Teil der sog. Propstei (Prévôté) gingen zur Reformation über, während das ebenfalls dem neuen Glauben beigetretene Thal von Laufen infolge der Bemühungen des Fürstbischofes Christoph von Blarer 60 Jahre später wieder katholisch ward.
Nachdem die Reformation auch in der Stadt Basel durchgeführt worden war, verlegten die Fürstbischöfe ihren Wohnsitz nach dem Schloss Pruntrut. Jedes einzelne der bischöflichen Untertanenländer erfreute sich bestimmter Vorrechte und Freiheiten, die ihnen im Laufe der Zeit zugestanden worden waren und die jeder neue Bischof bei seinem Amtsantritt von Neuem bestätigen musste. Einige waren auch mit den Eidgenossen verbündet, und Biel wurde 1490 als zugewandter Ort in den Bund der Eidgenossen aufgenommen.
Neuenstadt und die Propstei Münster standen mit Bern, das Kloster Bellelay und sein ganzer Besitz mit Solothurn im Burgrecht. Jede Landschaft sandte ihre Abgeordneten in den fürstbischöflichen Rat. Die offizielle Reihenfolge dieser einzelnen Land- und Herrschaften war vor der Reformation folgende: die Kapitel Moutier-Grandval, Saint Ursanne, St. Immer und St. Michael in Pruntrut, die Propstei Istein, die Abteien Bellelay und Lützel (Lucelle), dann die Städte Biel, Neuenstadt, Delsberg.
Pruntrut, Saint Ursanne und Laufen, ferner die Herrschaften Pfeffingen, Birseck, Zwingen, Erguel, Freibergen, die Propsteien Saint Ursanne und Schliengen und endlich die kleinen Herrschaften Orvin, La Bourg und Franquemont. Der Tessenberg (Montagne de Diesse) stand zur einen Hälfte unter Bern und zur andern unter dem Fürstbischof von Basel. Lehen besassen zudem noch eine Anzahl von dem Bistum dienstbaren Edelleuten und einige Städte, wie Solothurn, Aarau, Mülhausen etc. Die Krone Frankreich trug vom Fürstbischof die Grafschaft Ferrette zu Lehen, die diesem dann im Westphälischen Frieden aberkannt wurde. Ebenso besassen als fürstbischöfliche Lehen der Graf von Mömpelgard (Montbéliard) die Herrschaft Franquemont, der Fürst von Birkenfels die Herrschaft Ribeaupierre und die Markgrafen von Baden und von Baden-Durlach einige in ihrem Staatsgebiet enklavierte bischöfliche Landstriche.
Die ein Glied des deutschen Kaiserreiches bildenden Ländereien des Fürstbistums wurden im Verlauf des 30 jährigen Krieges der Reihe nach von den Kaiserlichen, Franzosen und Schweden schwer heimgesucht, die hier während 18 Jahren furchtbar hausten und Alles in Trümmer legten. Ganze Dörfer wurden verbrannt und vernichtet, manche davon für immer vom Erdboden vertilgt. Zu dieser Zeit fielen auch verschiedene der die Steilufer des Doubs beherrschenden festen Burgen, so u. a. Montvoie.
Dieser unselige Krieg hatte ferner zur Folge, dass eine Reihe von Missbräuchen einrissen. Als diesen der Fürstbischof Johann Konrad von Reinach durch seinen berühmt gewordenen Erlass von 1726 endlich steuern wollte, erhob sich ein Teil seiner Untertanen gegen ihn. Das durch die strenge Durchführung des Erlasses empörte und von Pierre Péquignat und seinen Genossen aufgereizte Volk, besonders der Ajoie, widersetzte sich dem Bischof zehn Jahre lang (1730-1740). Nachdem der Bischof den aufrührerischen Untertanen vergeblich hatte begreiflich machen wollen, dass sein Erlass nur zu ihrem Wohle zu dienen bestimmt sei und nachdem auch alle seine anderen Bemühungen zur Beruhigung erfolglos geblieben, rief er französische Truppen in sein Land, die dann allerdings mit den widerspenstigen Bauern rasch fertig wurden. Die Führer der Bewegung, Péquignat, Riat und Lion, wurden zum Tode verurteilt und enthauptet. Damit war der Aufstand niedergeschlagen, und es konnten nun die dem ganzen Bistum zum Wohl dienenden Reformen durchgeführt worden. Péquignat hatte sich nicht nur den Anordnungen des Bischofes widersetzen wollen, sondern strebte darnach, das Land der Eidgenossenschaft anzugliedern.
In diesem Vorhaben hatten ihn die katholischen Kantone durch ihr beistimmendes Verhalten unterstützt, während Bern sich nicht nur ablehnend verhielt, sondern dem Bischof sogar noch Truppen zur Verfügung stellen wollte. Als Frankreich 1792 die Pässe und anderen Zugänge zum Bistum besetzte, flüchtete der damalige Fürstbischof Joseph von Roggenbach mit seinem ganzen Hofstaat nach Biel. Ein Teil seiner Untertanen erklärte ihn der Oberherrschaft über die zum Reiche gehörenden Länder seines Bistums verlustig und konstituierte mit Hilfe der Franzosen die Republik Rauracien, die aber nach einem Bestand von nur wenigen Monaten der französischen Republik einverleibt wurde und nun deren Departement Mont Terrible bildete.
Die mit den Eidgenossen verbündeten Länder des Bischofes blieben ihm während dieser schweren Zeiten treu, bis auch sie am von den Franzosen ihrem Departement Mont Terrible angegliedert würden, das dann 1800 selbst wieder im Departement Haut Rhin aufging. Dieses umfasste u. a. die beiden Unterpräfekturen Pruntrut mit 105 Gemeinden und Delsberg mit 109 Gemeinden. Biel mit Neuenstadt bildete nur noch einen einfachen Friedensgerichtskreis. Die alliierten Mächte stellten 1814 den früheren Zustand der Dinge wieder her und gaben dem Land den Freiherrn von Andlau zum Gouverneur.
Schon glaubte man, dass das ganze Gebiet seinem alten Oberherrn wieder zurückgegeben würde, sodass Xaver von Neveu, der letzte Fürstbischof, im Triumph nach Pruntrut zurückkehrte. Da bestimmte der Wiener Vertrag 1815 den Anschluss des Landes an die Schweiz und zwar als Teil des Kantons Bern, trotzdem seine gesamte Bevölkerung entweder die Wiedereinsetzung ihres einstigen Oberherrn in seine Rechte oder dann die Erhebung ihres Gebietes zu einem selbständigen Kanton der Eidgenossenschaft wünschte. 1818 ging das Land dann an Bern über, das sich von dessen bisherigen Behörden in Delsberg den Treueid ablegen liess. 1830 nahm der Jura lebhaften Anteil an der Bewegung gegen die Herrschaft des Berner Patriziates. Eine ausserordentlich tief greifende religiöse Krise verursachten endlich im katholischen Jura die Badener Artikel von 1836 und der Kulturkampf von 1873.