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Ende die auch aus dem Hause Thun stammenden Inhaber einer Herrschaft, die später, wohl infolge des Baronenkriegs, in die Häuser Rothenfluh und Unspunnen zerfiel. Wohl die nämliche Katastrophe führte die Zerbröckelung der erstgenannten Dynastien in kleinere Herrschaften herbei. Nach einer Urkunde von 1155 war schon um diese Zeit der Thunersee die Grenze zwischen den Diözesen Konstanz und Lausanne. Die bernische Eroberungspolitik des 14. Jahrhunderts hat wichtige Erwerbungen in diesem Gebiet zu verzeichnen, dessen Besitz in strategischer wie in wirtschaftlicher Hinsicht für die emporblühende Stadt von grosser Wichtigkeit sein musste.
Durch die Erwerbung von Thun 1384 und Unterseen 1386 war die wichtige Wasserstrasse des Thunersees, welche den Verkehr mit dem Oberland und seinen Alpenpässen vermittelte, vollständig im Besitze Berns. 1478 fanden langwierige Grenzstreitigkeiten zwischen dem Kloster Interlaken und Thun wegen des Sees statt. Thun beanspruchte den ganzen See, wogegen es aber Interlaken nachzuweisen gelang, dass der obere Teil von dem Vorgebirge der Nase an ihm gehöre. Schiffsverkehr und Fischerei waren schon früh von grosser Bedeutung.
Nach den vielen erhaltenen Notizen in den bernischen Ratsmanualen zu beurteilen, war der See seines grossen Fischreichtums wegen eine Art von Speisekammer für die Hauptstadt, besonders für festliche Anlässe. Die wichtigsten Fischenzen waren in der Aare bei Thun und auf der Spielmatt bei Unterseen. Wie reich der Ertrag der Fischerei im Thunersee gelegentlich ausfiel, beweist die Tatsache, dass 1640 an einem einzigen Tage 6500 Fische gefangen wurden. Durch die Einleitung der Kander in den See wurde der Fischbestand bedeutend vermindert. Der Verkehr war das ganze Jahr hindurch ein äussert reger. Grosser Beliebtheit erfreuten sich die Lustfahrten, welche der Rat von Thun mit den bernischen Amtspersonen, den Landvögten von Unterseen und Interlaken und den Geistlichen der Umgebung, alle Jahre unternahm.
An Naturereignissen, welche den Thunersee betreffen, seien ausser dem schon erwähnten fabelhaften Sieden des Sees im Jahre 599 der ebenfalls sagenhafte Bergsturz von Ralligen genannt. Grosse Veränderungen, namentlich in Bezug auf den Wasserstand und den Abfluss des Sees bei Thun, bewirkte die Ableitung der Kander in denselben. Was das äusserst seltene Gefrieren des Sees anbetrifft, so fand dasselbe 1453, 1573 u. 1595, sowie rasch hintereinander 1684, 1685 und 1695 statt.
Nach Privataufzeichnungen überfror am der See derart, dass der Schiffsverkehr von Thun nach Oberhofen, Gunten und Unterseen 10 Wochen lang eingestellt werden musste. Waren wurden mit Ross und Schlitten über die Eisdecke befördert. 1695 wiederholte sich dieses seltene Ereignis. Man fuhr von Anfang Januar bis Mitte März mit Ross und Schlitten über den See und trieb Viehherden vom linken auf das rechte Ufer. In neuerer Zeit ist dieses wohl nahezu vollständige Zugefrieren des Seespiegels nicht mehr vorgekommen, immerhin überfror noch 1829 das obere Seeende von Neuhaus bis Därligen.
Die landschaftlichen Schönheiten des Sees sind schon früh gewürdigt worden. Eine Zusammenstellung älterer Schilderungen des Sees findet sich im ersten Bande von J. R. Wyss' Reise in das Berner Oberland (1816). Unter den Künstlern, welche dem Thunersee und seinen Ufern zuerst ihre Aufmerksamkeit widmeten und in früher weit verbreiteten Stichen und Aquarellen seinen Ruhm verbreiteten, seien die beiden Lory, N. König, Wocher, Aberli und Wetzel erwähnt.