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Schiffahrt und Fischfang liessen hier ein Dorf entstehen, das bald zusammen mit dem Rorschacherberg und Grub zu einer eigenen Pfarrei erhoben wurde, deren Kirche zu den ältesten im Lande zählte. Als der Personen- und Warenverkehr zwischen Deutschland und Italien immer bedeutender wurde, erhielt Abt Cralo 917 von Kaiser Otto I. für Rorschach das Markt-, Zoll- und Münzrecht. Obwohl der Abt als Reichsfürst über alle der Abtei gehörenden Ländereien die Oberhoheit hatte, blieb doch der Blutbann über Rorschach und einige andere Orte dem Kaiser selbst vorbehalten, der ihn durch besondere Reichsvögte ausüben liess. Es waren dies zuerst die reichen Herren von Wartensee, als deren erster 1264 Ritter Heinrich erscheint.
Nach ihrem Erlöschen 1361 folgten die Blarer und dann die Edeln von Rorschach, deren Burg (das heutige St. Annaschloss) oben am Rorschacherberg stand und die zu jener Zeit zu den wohlhabendsten und einflussreichsten Dienstleuten der Fürstäbte von St. Gallen zählten. Weil sie zugleich Bürger der Stadt St. Gallen waren, blieben sie zur Zeit der Appenzellerkriege neutral, während die Bürger des Fleckens Rorschach treu zum Abt hielten und dafür schwer büssen mussten, bis sie sich 1406 mit den St. Gallern und den Appenzellern verbündeten. Im Frieden von 1408 wurde aber Rorschach dem Abt zurückgegeben.
1449 mussten die Edeln von Rorschach alle ihre Güter und Rechte dem Kloster St. Gallen verkaufen, worauf ihr Schloss Sitz des äbtischen Vogtes oder Amtmannes wurde. Um dem beständigen Streit mit der Stadt St. Gallen ein Ende zu machen, beschloss Abt Ulrich Rösch 1486, das Kloster nach Rorschach zu verlegen. Aber schon 1489 wurden die neuen Bauten von den St. Gallern und Appenzellern zerstört, denen sich 1490 auch die Bewohner von Rorschach und des Unter Rheinthales anschlossen.
Als der Kampf allgemein zu werden drohte, legten sich die Eidgenossen ins Mittel und zwangen die Aufständischen zur Unterwerfung. Die Appenzeller verloren ihre Vogteien, die Untertanen des Abtes wurden bestraft, und die Stadt St. Gallen musste eine Entschädigung von 10000 Gulden bezahlen. Abt Gotthard baute das zerstörte Kloster in Rorschach unter dem Namen Mariaberg wieder auf. Es diente nun zunächst für Schulzwecke und wurde dann Sitz des äbtischen Vogtes.
Rorschach ging als eine der ersten Gemeinden der äbtischen Länder zur Reformation über, musste aber bald zum alten Glauben zurückkehren. Abt Bernhard (1588-1622) suchte den Ort als Handelsplatz zu fördern, begünstigte die Einführung neuer Industrien und gründete hier eine Buchdruckerei. Abt Pius wollte auf Mariaberg eine katholische Universität einrichten, musste aber das dafür bestimmte Kapital zu Verteidigungsmassregeln gegen die schwedischen Armeen (30 jähriger Krieg) verwenden. Fürstabt Zölestin II. gestaltete Rorschach zum ersten Kornmarkt der Schweiz und liess 1748 durch den Italiener Bognato am Seeufer das grosse ¶